En 1799, trois ans après son mariage avec Bonaparte, Joséphine fait emplette de cette belle maison de campagne, sans trop savoir comment elle la paierait. Bonaparte y pourvoit finalement. Mis au goût du jour par Percier et Fontaine, Malmaison reste jusqu'en 1802 l'unique résidence de campagne du Premier Consul puis l'une de ses préférées, jusqu'au divorce.

Depuis le second Empire, le château a bénéficié d'importantes campagnes de restitutions des décors et de remeublement. De la bibliothèque au salon de musique, de la salle du conseil au boudoir de Joséphine, du billard au parc, les exceptionnelles collections  permettent d'entrer dans l'intimité du couple impérial. Plus largement, elles offrent un parfait témoignage des arts décoratifs et de l'art de vivre au début du XIXe siècle.